Początki Zakładu Fizjologii i Toksykologii sięgają roku 1991, w którym powstała Katedra Biologii i Ochrony Środowiska (od roku 1998 Instytut), złożona z 9 zakładów.  Do roku 2005 jednostka kierowana przez prof. nadzw. dr hab. Jana Grajewskiego, funkcjonowała jako Zakład Biotechnologii i początkowo składała się z pięciu podjednostek: Pracowni Fizjologii Zwierząt, Pracowni Mikrobiologii, Pracowni Embriologii i Biotechniki, Laboratorium Badawczego Mikotoksyn oraz Pracowni Testów Komórkowych. W roku 2006 Zakład Biotechnologii został przekształcony w Zakład Fizjologii i Toksykologii, a w 2014 roku - w Katedrę Fizjologii i Toksykologii. 

W roku 2000, w ramach realizowanego grantu Komitetu Badań Naukowych, ukończono budowę Laboratorium Badawczego Mikotoksyn, w ramach którego funkcjonują: Pracownia Toksykologii, Pracownia Grzybów Pleśniowych oraz Pracownia Hodowli Komórkowych. W roku 2007 oddano do użytku część audytoryjno-konferencyjną ( zadanie "Rozbudowa Laboratorium Mikotoksyn UKW" w ramach Priorytetu 1 - Rozbudowa i modernizacja infrastruktury służącej wzmacnianiu konkurencyjności regionów ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego). W najbliższym czasie Laboratorium zostanie rozszerzone o nową Pracownię Hodowli Komórek i Testów Toksyczności.

W zakładzie Fizjologii i Toksykologii realizowano kilkanaście projektów badawczych (w tym kilka w ramach umów międzyrządowych z Austrią i Niemcami).

Pracownicy Zakładu Fizjologii i Toksykologii uczestniczą w wyjazdach szkoleniowych do zagranicznych ośrodków naukowych (m.in. Veterinärmedizinische Universität Wien,  Max Rubner Institut Kulmbach, Bundesinstitut für Risikobewertung Berlin, Sveriges Lantbruksuniversitet Uppsala).

Zakład Fizjologii i Toksykologii cyklicznie organizuje międzynarodowe konferencje naukowe podejmujące tematykę mikotoksyn i grzybów pleśniowych (X Jubileuszowa Międzynarodowa Konferencja Naukowa 'Mikotoksyny i grzyby pleśniowe' odbędzie się w 2013 roku).